Для того, что бы подключить все файлы скриптов и стилей в Joomla! 3.0 в правильной последовательности нужно cделать следующее. Подключить фреймворки, как написано в документации: Mootools, jQuery и Tweeter Bootstrap.

Подключение стилей и скриптов описано в документации и производится добавлением соответствующих значений, используя методы addScript, addStyleSheet, addScriptDeclaration, addStyleDeclaration, addScriptOptions и addCustomTag.

Ниже приведен листинг с примерами использования этих методов.

<?php
// Подключение фреймворка mootools, который, в большинстве случаев, ненужен
   JHtml::_('behavior.framework', true);
// Подключаем фреймворк jQuery, файлы которого стандартно находятся по пути /media/jui/js/
   JHtml::_('jquery.framework');
// Подключаем фреймворк bootstrap, файлы которого стандартно находятся по пути /media/jui/js/
   JHtml::_('bootstrap.framework');
// Предоставляет доступ к текущему JDocument, с можно установить метаданные, добавить стили и скрипты и многое другое, связанные с документом.
   $document = JFactory::getDocument();
// Добавляем, если нужно, необходимые для работы скрипты,. В переменной $this->baseurl находится значение базового урла
   $document->addScript($this->baseurl.'/media/jui/js/pictures.js');
// Добавляем, если нужно, каскадные стили bootstrap'а. В переменной $this->baseurl находится значение базового урла
   $document->addStyleSheet($this->baseurl.'/media/jui/css/bootstrap.min.css');
// Порядок добавления CSS важен, стили bootstrap можно менять, в $this->template находится путь до текущего шаблона
   $document->addStyleSheet($this->baseurl.'/templates/'.$this->template.'/css/customs.css');
// Вставлять код js непосредственно в шаблон лучше не через <script>…</script>, а делать так:
   $script = '(jQuery).("body").css("border","3px solid red");';
   $document->addScriptDeclaration($script); 
// Вставлять код css непосредственно в шаблон нужно не через <style>…</style>, а так:
   $style = '.red-border: { border, 3px solid red; }';
   $document->addStyleDeclaration($style);
// Если необходимо вставить с псевдокомментариями, то нужно делать так
   $style = '';		
   $document->addCustomTag($style);
// Передача параметров в js-скрипт
   $myOptions['colors'] = array('selector' => 'body', 'color' => 'green');
   $document->addScriptOptions('mod_example', $myOptions);
// Убираем метатег generator
   $document->setGenerator('');
// Убираем все следы mootools
   if (JRequest::getString('view') !== 'cart' and JRequest::getString('view') !== 'contact')
      unset($this->_scripts[$this->baseurl.'/media/system/js/mootools-core.js'], 
            $this->_scripts[$this->baseurl.'/media/system/js/mootools-more.js'], 
            $this->_scripts[$this->baseurl.'/media/system/js/core.js'], 
            $this->_scripts[$this->baseurl.'/media/system/js/caption.js'], 
            $this->_scripts[$this->baseurl.'/media/system/js/modal.js']);
// Чистим подключаемый скрипт от остатков mootools
   if (isset($this->_script['text/javascript'])) { 
      $this->_script['text/javascript'] = preg_replace('%jQuery\s*\(\s*window\s*\)\s*\.\s*on\s*\(\s*\'\s*load\s*\'\s*,\s*function\s*\(\s*\)\s*\{\s*new\s*JCaption\s*\(\s*\'\s*img\s*\.\s*caption\s*\'\s*\)\s*;\s*\}\s*\)\s*;*%', '', $this->_script['text/javascript']);
      $this->_script['text/javascript'] = preg_replace('%window\s*\.\s*addEvent\s*\(\s*\'\s*load\s*\'\s*,\s*function\s*\(\s*\)\s*\{\s*new\s*JCaption\s*\(\s*\'\s*img\s*\.\s*caption\s*\'\s*\)\s*;\s*\}\s*\)\s*;\s*%', '', $this->_script['text/javascript']);
      if (empty($this->_script['text/javascript'])) unset($this->_script['text/javascript']);
   }
// Делаем jQuery первой в списке js-скриптов 
   $tmp1 = '/media/jui/js/jquery.min.js';
   $tmp = $this->_scripts[$tmp1];
   unset($this->_scripts[$tmp1]);
   $this->_scripts = array($tmp1=>$tmp)+$this->_scripts;
// Посмотреть значение подключенных внешних js-скриптов, css-файлов, включенных в html-текст скриптов и стилей можно так
   echo '
';
   var_dump( $_scripts, $_styles, $_script, $_style );
   echo '
';

?>

При разработке каких-либо приложений в Joomla, если нужен какой-либо фреймворк, то он подключается так, как указано в строках 3, 5 и 7. При этом дублирование вызовов файлов фреймворков не производится.